天然奇石，特別是精品來之不易，但若處理不當，天然奇石就失去了天然的韻味，其觀賞性、藝術性和收藏價值、經濟價值將會嚴重打折，因此弄明白天然奇石怕什么，對其進行有益的的保護是十分重要的。
天然奇石怕動“手術”
一些天然奇石初玩者，或者個別利益熏心的經銷商，為了使自己的天然奇石更加的完美，更能吸引客戶，通過打磨、拋光、染色、修整等人為的手段，對天然奇石進行“手術”，改變其特征。盡管這一“手術”是“微創”的，讓平常人難以察覺，但難以逃脫真正玩石者的法眼。天然奇石一旦動了“手術”，便失去了天然性，其原本的觀賞、收藏與經濟價值嚴重下跌。
天然奇石怕上錯了油和蠟
給奇石上油和蠟，使奇石的圖案和紋理會更加清晰，觀賞性會更強，但在上油上蠟前，一定要弄懂石頭的本質特征，因為有些石質硬度不高的石頭不適合上油和上蠟，一旦上錯，輕的會改變石頭的色彩，嚴重的會讓石頭的紋飾和圖案變得更加模糊，影響石頭的觀賞，甚至會毀掉一塊天然奇石。如長江畫面石、部分黃河石就不適合上油，上蠟效果會更好。
天然奇石怕起錯了名字配錯了座子
一些奇石愛好者為了給奇石起一個響當當、富有吉祥寓意的名字，忽視了奇石所表現的主題，起的名字遠離主題，張冠李戴，讓人看后莫名其妙，摸不著邊際，影響了奇石原本所表達的主題。還有一些人在給奇石配座子時，為了彰顯實力，給奇石配上超大不符合實際和價格較高的紅木底座，給人們一種喧賓奪主的感覺，如此以來，再好的奇石也會黯然無光。
以上僅僅是個人的一些想法，權當拋磚引玉，共同探討交流。