清朝末年的新軍失控，表面上看是革命黨與舊勢力的矛盾爆發。實際上，在暗地里卻是滿漢官員之間的權力斗爭。
清朝入關后，有一套比較完整的防備漢人奪權的軍事體系。八旗在各地都有駐軍，而各省的總督、巡撫和提督、總兵，相互之間又有牽制關系。這樣一來，地方上的封疆大吏無法做強做大，軍隊的訓練和調動，也能始終掌握在清廷的中央政府手里。（滿人的手里）
但是太平天國之后，八旗形容虛設，綠營也不堪一擊，原先吆五喝六的滿蒙貴族，對軍隊實際上已經完全喪失了掌控。只不過當時清廷仍然還有點余威，慈禧老太婆靠著他的政治手腕還能鎮得住地方的漢人實權派。
但是八國聯軍侵華，給了清廷中央政府和慈禧老太婆當頭一棒。中央權威的盡失！地方的實權派完全不拿中央當回事。于是，清政府想到了一個辦法——就是立憲改革。
不明真相的吃瓜群眾一定會說，咱大清也搞君主立憲了，這是好事呀！然而事實的真相卻并不是那回事。清末所謂的立憲，實際上是借著立憲這個借口，加強中央集權！把之前讓給漢人實權派的權力再收回來。當時就有不少頭腦清醒的人指出，慈禧搞立憲的目的，就是藉變法之名，以收集權之實。繼續維持滿洲人的統治地位。
既然立憲了嘛，那么軍隊的指揮權，自然就要收歸到中央政府。當時的滿蒙八旗和綠營都是垃圾，地方實權派訓練的練軍（比如湘軍和淮軍），通通都作廢，統一改編為巡防營。朝廷另起爐灶，按照西式的標準，訓練了一批新式陸軍，也就是所謂的新軍。
所以新軍的建立，并不完全是為了鞏固大清國防的需要，關鍵點在于：慈禧要把漢人精英官僚訓練出來的那些什么湘軍、淮軍，全部裁撤掉！讓滿洲人重新掌握軍隊的指揮權，也就是掌控新軍。
但是當時的新軍普遍也是漢人訓練的，比如袁世凱、徐世昌、馮國璋、段祺瑞等人訓練出來的北洋六鎮；張之洞鼎力支持訓練出來的湖北新軍。這些新軍的指揮官，仍然都是漢人。等于軍權還是掌握在漢人手里。于是慈禧想出了一個先砍頭，再剁手足的辦法。
1906年，慈禧前往天津閱兵，在閱兵場上逼迫袁世凱交出了北洋四鎮兵權，并且辭去各項兼差，僅保留兩鎮的指揮權；
1907年，御前會議上，載灃等人又逼迫袁世凱辭去直隸總督和北洋大臣的實權職務，明升暗降為軍機大臣和外務尚書。張之洞在同年也被免去湖廣總督的職務，明升暗降隨袁世凱一起調入京城。湖廣總督一職，由漢軍鑲藍旗出身的趙爾巽接任。
1908年，慈禧病死后，身為攝政王的載灃拿出了光緒遺詔，聲稱要殺袁世凱。所幸當場的張之洞等人極力維護，袁世凱才免于一死。但被免去了所有職務，趕回河南老家釣魚，永遠不準出仕。
罷免袁世凱只是第一步，緊接著還要收回其它部隊的指揮權。比如載灃就自封為陸海軍大元帥，名義上成為全國總司令；滿洲正白旗出身的蔭昌為陸軍大臣，將北京附近各省的新軍指揮權收歸中央；滿洲親貴出身的載澤、毓朗和善耆等人掌管新軍指揮權。其實就是讓蔭昌接替袁世凱，讓載澤等人控制每一個鎮，直接指揮各鎮的行動。而原來各鎮的統制，比如段祺瑞、曹錕等人則要靠邊站，淪為名義上的指揮官。
另外，攝政王載灃還派自己弟弟載洵為海軍部大臣，把原本一直就是漢人指揮的海軍也收回到滿人的手中；并且載灃還下令，從滿洲八旗中抽調精干之人，編練為禁衛軍，讓他的另一個弟弟載濤為軍諮府大臣，統領禁衛軍；并在北京設立了專收滿人的貴胄學堂，培養八旗自己的軍事人材。
通過這一系列的調動，在太平天國和洋務運動之后崛起的漢人實權派，蕩然無存！各省的漢人督撫，漢人軍官，也基本上被滿人和漢軍旗人所取代。
如果站在滿洲人的角度來說，載灃的這一套操作，是符合他們利益的。但是站在當時那個時代來講，載灃簡直蠢透了！據說當時袁世凱被撤換時，張勛就在一旁嚷嚷，干脆他娘的造反算了！只不過袁世凱覺得時機還不到，沒有同意。但是讓載灃這么一鬧，地方上的新軍指揮官就不干了！
什么意思？我們辛辛苦苦訓練的軍隊，你們直接撿現成的？撿現成的也就罷了，起碼給點補償啊！直接派滿八旗來接手，我們這些漢人怎么安排？給你們白白打工了？以后孫文的炮黨再鬧事，你們滿人去鎮壓吧！我們不會再給你們賣命了。
所以在武昌起義時，蔭昌根本就指揮不動北洋軍！段祺瑞被馮國璋等人故意磨蹭，就是要逼清政府，讓袁世凱重新出山。因為袁世凱這個總司令不出山，他們這些師一級的將領遲早也會被撤換掉。落一個兔死狐悲、鳥盡弓藏的下場。
紫禁城的那幫滿洲貴族，最早還沒把武昌起義當回事，原本以為只是小股刁民鬧事，派軍隊去鎮壓就可以了。誰也沒想到，武昌新軍只是在湖北那么鬧騰了一下，大清朝各省都跟著鬧獨立了。勢頭之猛，超乎載灃等人的想象。
江蘇巡撫程德全、廣西巡撫沈秉堃、安徽巡撫朱家寶、兩廣總督張鳴岐、山東巡撫孫寶琦等人，這些人可都是朝廷命官。面對載灃等人卸磨殺驢的新政，最后也跟著反了！他們認為反正也會被撤職，還不如搏一把。
后來迫于無奈，載灃等人只得把袁世凱又重新請回來。袁世凱這次回朝，心里面門兒清，要不把那幫滿族親貴徹底搞死，自己肯定也是白白替人家打工。最后還是落個明升暗降，趕回老家的下場。而且老馮和老段跟中央政府頂著干，肯定也沒有好果子吃。那么，干脆把這個大清朝滅了算了吧！
所以清末新軍不服從指揮，這個現象的根本原因就是新軍將領對滿洲貴族卸磨殺驢的做法不滿！
當然了，因為利益分配不公導致反滿，這個現象主要集中在北洋六鎮。而在南方各省的新軍中，情況與北洋新軍又略有不同。
比如湖北新軍，當年張之洞在位的時候，他對湖北新軍非常重視，投入了非常大的資金。但是當張之洞離職后，削減開支成了常態。這樣一來，新軍對清政府的不滿就可想而知了。在當時的湖北新軍中，革命黨的排滿宣傳基本處于公開化狀態！
舉幾個例子。在當時的湖北新軍中，像《揚州十日》、《嘉定屠城》、《孔孟心肝》這些痛斥滿洲人欺壓漢人的刊物，是可以在士兵中公然傳閱的。而像《商務報》、《大江報》等這些革命黨控制的報紙，因為他們經常會報道一些軍官克扣軍餉、滿人欺壓漢人的報道，贏得了很多士兵的支持。以至于聲譽日起，報紙的銷量日增。
據當時人回憶：部隊里的革命氣氛較濃，幾乎所有的士兵都剪了辮子，表示對清朝統治的反抗，誰要不剪，就會被罵作豬奴才。
而且新軍的來源主要是兩部分：一是破產農民和城市游民；一是小知識分子，尤其是海歸留學生。
這第一類人員本來就對滿洲人的統治沒什么好感，再加上里面有很多人都是窮人，很容易受革命派鼓動；第二類人員是因為受到西方和日本新思想的影響，對滿州人的獨裁統治也非常痛恨。
除了湖北新軍之外，云南和廣西新軍也是反滿的重要據點。據朱德回憶：當時云南新軍和講武堂的官長，李烈鈞、唐繼堯、劉祖武、顧品珍等人，大多都是同盟會員，其他一些教官或者是同盟會員。有時候教官在上課時，說著說著就站在椅子上大聲高呼，讓滿州人的統治滾下去，大家不要當亡國奴！
南方新軍都是這種調調，新軍要不失控，還聽滿洲人的指揮，那才有鬼呢！
有人或許要問了：難道清政府不管嗎？
是的，清政府的各級官員還真的不管！上面不是說過了嗎？載灃一上臺就是各種理由收回權力，地方督撫誰敢當這個出頭鳥？要是被抓住了小辮子，丟官是小，丟命可就虧大了。而且還有一點，因為中央要集權嘛。所以地方督撫的任期都很短，通常就是幾個月或者一年，官員就要調走。這種流水官，他們才懶得管這種吃力不討好的事呢。
所以新軍中的反滿革命宣傳，地方當局基本上就是睜一只眼閉一只眼，即使發現了，頂多解散組織、開除軍籍，采取的是息事寧人、不予深究的態度。
所以歸根到底的說，清廷對新軍的失控，其實是對官員的失控。雖然滿洲貴族一直在強調滿漢一家親的概念。但說的和做的，完全是兩碼事。在漢人官員看來，你吐出來的東西，還能再吞回去？如此厚顏無恥，那就別怪我不客氣了！
另一方面，接受了革命思想的新軍士兵也是對滿洲人的統治早就不滿了。當南方的新軍和北洋新軍達成了共同目標后，清政府的完蛋，就是必然的結果了。