滅絕師太本名方湘君。方湘君本來喜歡謝遜。心術不正之人楊逍給紫衫龍王下藥，卻被方湘君誤喝，以至懷有身孕。孤鴻子不計前嫌，對方湘君之女視如己出，當楊逍設計害死風陵師太后，不得不將峨眉掌門傳給方湘君。
元朝末年，韃子皇帝元順帝昏庸無道，任用權臣，朝政紊亂，又為自己尋歡作樂，大修宮殿苑囿、離宮別館，勞民傷財，致使民變頻起，弄得天怒人怨。
雖然絕大多數漢人生活在水深火熱中，但是隨著元朝統治的鞏固，推翻蒙元統治的希望日益渺茫，以“六大門派”為代表的江湖各派，對昔日大宋曾經的光榮已經記憶模糊，他們更多地將注意力集中在維護自己武林地位的問題上。
而此時真正堅持驅除韃虜，恢復河山，抗擊蒙元，推翻暴政的只有陽頂天率領的明教和郭襄女俠開創的峨眉派兩家了。
郭襄女俠在籌辦舉義大事時被元廷鷹犬、西域妖僧百損道人偷襲，郭襄雖將其重傷，但自己也受傷頗重。
回到峨眉后，郭襄嫡傳弟子風陵師太，衣不解帶，侍奉郭襄。
郭襄手握倚天劍，默視良久，將刀劍的驚天秘密告知與風陵師太，然后把倚天劍與掌門信物玄鐵指環交給風陵后，溘然長逝。
風陵師太秉承師父遺命，以推翻元朝，光大峨嵋門楣為己任，在江湖上四處奔波,并積極尋訪遺失的屠龍刀。
昆侖派少年名宿游龍子被風陵師太為國為民，俠之大者的精神所感動，又不恥昆侖派與蒙元朝廷虛以為蛇、假意親善，遂改換門庭拜風陵師太為師，并改名孤鴻子。
河南開封金瓜錘方評與妹妹方湘君相依為命，不料方評被蒙古人所殺，風陵師太途徑此地，見方湘君孤苦伶仃，出于隱惻之心便將其收為弟子。
孤鴻子與方湘君兩師兄妹在習武過程中感情累積，孤鴻子對方湘君不由的暗生情誼，但只是發乎于情而止于理。
陽頂天獲悉汝陽王受命護送太子西出玉門關，于是傳信于風陵師太，相邀一同半路截殺。風陵師太恰巧得知屠龍刀出現于遼東，不能分身，遂派孤鴻子與方湘君前去助陣。
兩人在西域龍門客棧機緣巧合遇到了剛結拜為異姓兄弟的謝遜、殷天正、楊逍三人。謝遜三人偶然得到元太子西出玉門的消息，也想半路截殺，不想無意間破壞了明教所設埋伏，致使元朝太子被汝陽王護送出玉門關。
陽頂天大怒，認為五人暗通蒙元，便將五人押上光明頂。謝遜三人本就對蒙元恨之入骨，得知明教也以抗元為己任，再三懇求之下,加之陽頂天也弄清了幾人實屬冤枉，便同意三人加入了明教。
楊逍乃心術不正之人，見陽頂天武功幾乎達到當世無敵，且位高權重，初次見面便有了取代之心。當其得知風陵師太手中的倚天劍中有驚天秘密，便想方設法勾引方湘君，希望能窺見一斑。
但是方湘君對其卻是漠然視之，反被謝遜的魁偉雄奇，文韜武略所吸引，于是對其死纏爛打，甚至設計逼婚。
就在此時，黛綺絲從波斯明教總壇來到中原。黛綺絲明艷不可方物，端麗難言，姿容絕世，令明教上下大為震驚，并被其美貌所傾倒。
當黛綺絲替代陽頂天與前來報父仇的"銀葉先生"韓千葉寒潭對戰，更是得到陽頂天的青睞，不僅被授予黛綺絲“紫衫龍王”稱號，還將其收為義女，由此武林第一美人的盛譽艷名遠播，面對眾多追求者，黛綺絲卻只鐘情于謝遜一人。
楊逍更是貪慕黛綺絲的美色，色膽包天之下，竟然給黛綺絲水中下了迷藥，陰差陽錯，卻被方湘君誤食。
就在楊逍巫山云雨之際，雖然已被范遙發覺，但為了維護明教聲譽，范遙也就睜一只眼閉一只眼，默不作聲。
此事之后數月，方湘君竟然發現自己懷有了身孕，沒得法子，只好央求楊逍上峨眉向師父風陵師太提親，兩人快速成婚，以遮未婚先孕之丑。
此時的楊逍通過兩面三刀，花言巧語已獲得了陽頂天賞識，并且地位僅次于教主，陽頂天也答應傳他乾坤大挪移。楊逍唯恐節外生枝，心里雖不情愿，就答應了方湘君，愿意上峨眉山入贅為婿。
楊逍、方湘君、孤鴻子三人在返回峨眉的途中，路徑一荒嶺時，楊逍借故支開孤鴻子，然后以尋水為借口離開方湘君，轉身換了衣服，蒙了面，回來將方湘君擊昏后，逃離現場。
孤鴻子回來后看到方湘君昏迷在地，上前查看師妹傷情，不想楊逍突然現身，誣陷兩人在做茍且之事，轉身離開后，返回了光明頂。
方湘君從始至終都沒懷疑到楊逍身上，只認為是賊寇所為，但肚子一天天變大，卻又沒得法子。孤鴻子本對方湘君用情至深，當方湘君準備與楊逍共結連理時，孤鴻子還從心底默默祝福兩人，今見突然變故，孤鴻子愿一力承擔，與方湘君成婚，以免天下人笑看峨眉。
方湘君怕同門師兄妹結為姻親而遭師父責罵，于是拒絕了孤鴻子的提議，而是在峨眉山下找了一丁姓獵戶，偷偷生下一女。
楊逍回到光明頂后不久，陽頂天在光明頂秘道發現楊夫人柳芯茹與其師兄成昆幽會，以至修煉乾坤大挪移走火入魔而死。臨死之前，陽頂天發現楊逍心術不正，于是寫下遺書委任下任教主為謝遜。
隨后楊逍封鎖了陽頂天的死訊，并假傳其口諭，開始正式主持明教事物，四大法王、五散人等眾多教眾雖皆不服他，但卻沒有別的托詞，只得屈從于他。
楊逍知道自己乾坤大挪移只修煉到二層，并不能令明教上下信服于他，便打起了風陵師太手中倚天劍的主意。
隨后假傳陽頂天口諭，通知風陵師太，屠龍刀出現于西域昆侖山。風陵師太為完師父遺命，于是帶著方湘君不遠萬里來到光明頂。此時的方湘君剛生產完畢，與楊逍見面雖有尷尬，但有風陵師太在場，也就未敢多言。
風陵師太師徒兩人攻入楊逍所說藏屠龍刀的薩卡寺中，哪料寺中番僧早有防備，數十名武功高強的僧人組成了明教五行大陣，結成陣勢后變幻莫測，相互配合，靈活多變，虧得風陵師太手中的倚天劍，鋒利無匹，兩人才破了番僧的法陣。
風陵師太見勢不妙，帶著方湘君逃離了薩卡寺，但是自己也深受重傷。突圍后，風陵師太知道自己已經時日不多，不能堅持到峨眉，便將刀劍的秘密與郭祖師的遺命傳了給了方湘君。
方湘君回到峨眉后與師兄孤鴻子兩人慟哭數日不絕。數月后，孤鴻子將方湘君之女丁敏君接回了峨眉派，并讓其拜方湘君為師。
丁敏君雖面目俊俏，頗有楚楚之致，但自小就像其父一樣長了顆小人之心，且尖酸伶俐愛耍陰謀詭計，更似楊逍的模樣。
方湘君見孤鴻子對丁敏君視如己出，感情發自肺腑，對其漸生情緣，后來兩人情愛甚篤，甚至有了嫁娶之約。
孤鴻子本是至情至性之人，想在成婚之前告知楊逍其女丁敏君之事，遂與相約比武為借口，欲見面詳談。方湘君唯恐路途艱險，擔心其安危，于是將倚天劍借給了他，來保沿路安危。
楊逍得知孤鴻子相約，本欲拒絕，但想到可以知道倚天劍的下落，也就答應了比武。
楊逍見到孤鴻子攜帶倚天劍前來，心中狂喜，卻也不露聲色。孤鴻子本欲想告知其女之事，但楊逍卻喋喋不休地在詢問倚天劍，當得知屠龍寶刀乃武林至尊，唯倚天劍可與匹敵，但到底何以是至尊，孤鴻子卻一無所知。
孤鴻子向楊逍表明，他日將和方湘君共結連理，其女丁敏君也將馬上長大成人。孤鴻子本想得到對方祝福，但楊逍卻以小人之心度君子之腹，以為自己現在貴為明教教主，位高權重，孤鴻子是羨慕自己而生嫉妒之心。
于是楊逍罵方湘君乃殘花敗柳之人，更是將其下藥之事和盤托出。孤鴻子從來就是將方湘君當成心中圣潔的女神，那里見過如此齷齪的謾罵，氣急之下，便沖了上去，沒想到倚天劍尚未出鞘就被楊逍擊敗，劍也被楊逍奪去。
楊逍拿到倚天劍后知道，劍中的秘密才是誰與爭鋒的真實所在，而全天下知道此秘密的只有方湘君一人。如今得到，只是多了把趁手的冰刃，而自己又不善劍法，但將會是全天下人的眾矢之的。
權衡再三后，楊逍裝作桀驁不馴，自命不凡的樣子，說出倚天劍如廢銅廢鐵一般，更是將劍拋在地下后揚長而去。
孤鴻子想到方湘君被楊逍惡語中傷，越想越氣，三天后在途中染病，就此不起。誰知，孤鴻子攜帶倚天劍前去赴約之時，就已被官府跟蹤，當孤鴻子染病身亡之后，手中的倚天劍也給官府取了去，獻給汝陽王。
方湘君苦等孤鴻子未果后，下山尋訪，知道了孤鴻子中道殂逝，并得到倚天劍遺落在汝陽王府。
方湘君得知倚天劍的下落后，到汝陽王府奪回了倚天劍，并知道了事情的原委，方湘君一怒之下遁入空門，削發為尼，法號滅絕師太。
滅絕師太一心想為孤鴻子報仇，以至痛恨整個明教，甚至從小教育丁敏君，明教乃天下魔教，而楊逍更是無惡不作，人人得而誅之，意欲讓其女殺死其父，以解心頭之恨。
不想滅絕師太最中意的弟子紀曉芙，竟然失身與楊逍，她沒有給紀曉芙任何機會，一掌將其斃命。