這個題目問的就有問題，何為封疆大吏，在清朝，總督，巡撫，提督，都是主政一方民政，軍事的大員，都算得上封疆大吏。你題目問的應該是，清朝滅亡后，九個總督最后都去哪了。

1912年2月12日，隆裕太后頒布《退位詔書》，清帝宣統退位。其實九大封疆大吏的情況為：

直隸總督：張鎮芳，歷任天津道、長蘆鹽運使、湖南提法使、署理直隸總督等職。民國成立后，任河南都督兼民政長。1914年調回北京。次年支持袁世凱復辟帝制，與朱啟鈐等同被列為“七兇”。袁死后參與張勛復辟，任內閣議政大臣、度支部尚書，復辟失敗后被捕。1918年獲釋，在天津任鹽業銀行董事、董事長。

兩江總督：張勛，張勛因為辮子軍復辟，在歷史上的知名度還是比較高的，但恐怕很多人不知道他是清廷最后一任的兩江總督。但是，他也跟張鎮芳一樣，不是正式的兩江總督，而是以江南提督的名義署理兩江總督。宣統退位以后，為表示忠于清廷，張勛及所部均留發辮，張勛人稱“辮帥”，所部定武軍人稱“辮子軍”。袁世凱任大總統，張勛所部改稱武衛前軍，駐兗州，表示仍效忠清室。1915年，擁袁世凱稱帝，被封為一等公爵，但內心仍一意維護清廷。1916年，張勛復辟。

閩浙總督：松壽，光緒三十三年（1907年），擔任閩浙總督。宣統三年（1911年），辛亥革命爆發，福建省內的革命軍起事，松壽兵敗，在福州的府邸內吞金殉國。清廷追贈太子少保，子孫世襲二等輕車都尉，謚號忠節。

兩廣總督：張鳴岐，1910年因賄賂慶親王奕劻而升任兩廣總督兼署廣州將軍，頑固擁護帝制，反對民主共和，大肆捕殺革命黨人。1911年4月指揮鎮壓黃花崗起義。辛亥革命成功后，攜款潛逃日本。袁世凱執政后回國，1915年因擁護袁世凱復辟帝制而被封為一等伯爵。袁世凱死后，張鳴岐逃往天津。1931年九一八事變爆發后，與白堅武狼狽為奸，勾結日本特務。1937年盧溝橋事變爆發后公開投靠日本，淪為漢奸，歷任漢奸要職。1945年3月，日軍瀕于戰敗之際，張鳴岐又與王揖唐、殷汝耕等人發起乙酉法會，祈禱“大東亞戰爭必勝”。1945年9月15日在民眾的一片聲討中死去，結束了罪惡的一生。

四川總督：趙爾豐，1911年4月，原四川總督、趙爾豐之兄趙爾巽調任東三省總督，朝廷將趙爾豐調任四川總督。8月2日，趙爾豐到任。1911年10月10日，武昌起義爆發。11月22日和25日，成都召開四川官紳代表大會，宣布脫離北京政府獨立，成立大漢四川軍政府，原咨議局議長蒲殿俊任軍政府都督，陸軍第十七鎮統制朱慶瀾任副都督。但是局勢并不穩定，12月6日，軍隊突然嘩變，蒲、朱逃走，軍政部長尹昌衡平定叛亂，被推為都督。當軍隊嘩變時，應一些紳商的請求下，趙爾豐以總督的名義張貼布告以安定軍心，因此，事后人們懷疑兵變是趙指使。12月22日凌晨，尹昌衡指揮所部擒獲趙爾豐，并在成都皇城壩召開公審大會公審趙爾豐，當眾盡斥其罪，并令部下將趙爾豐當場處決于皇城“明遠樓”，趙爾豐死前，罵不絕口。

陜甘總督：長庚，宣統元年，遷陜甘總督。三年，武昌事起，西安等處繼之。前陜甘總督升允奉命督辦軍務，事略定。遜位旨下，長庚乃將總督印交布政使趙惟熙而去。越四年卒，謚恭厚。

湖廣總督：博爾濟吉特·瑞澂，瑞澂既可以算是最后一任湖廣總督，也不算最后一任。瑞澂之后還有五任湖廣總督，分別為袁世凱、魏光燾、王士珍、段芝貴、段祺瑞，但這五人全部未到任，所以，在任的最后一位就是瑞澂，如果未到任也算，就是段祺瑞。博爾濟吉特·瑞澂1910年調任湖廣總督。武昌起義爆發，逃往上海。旋被清廷革職。民國成立后，沒收其存于錢莊的百萬財產，1915年死于上海寓所。

云貴總督：李經羲，1909年2月，升任云貴總督。辛亥革命時，被蔡鍔禮送出境，與王芝祥、于右任等在北京組織國事維持會；于1913年12月被袁世凱任為政治會議議長、翌年5月改任參政院參政。十月任審計院院長。1915年10月袁世凱稱帝時，封其與徐世昌、趙爾巽、張謇為“嵩山四友”。次年6月袁死后，避居天津。1917年夏，黎元洪與段祺瑞在中國是否參加第一次世界大戰的問題上發生“府院之爭”。5月黎元洪下令罷免段的國務總理后，被任命為國務總理兼財政總長。后因張勛復辟，李經羲就任不足一周即去職，后人把他稱為“短命總理”。1925年9月18日在上海病逝，年65歲。

東三省總督：宣統三年（1911年）任東三省總督。武昌起義后在奉天（今遼寧）成立保安會，阻撓辛亥革命。 民國成立，任奉天都督，不久辭職。民國三年（1914年），任清史館總裁，主編《清史稿》。袁世凱稱帝時，被尊為“嵩山四友”之一。 民國十四年（1925年），段祺瑞執政期間，任善后會議議長、臨時參議院議長。 民國十六年（1927年）卒，享年83歲。

清末九大總督，名氣最大的當屬辮帥兩江總督張勛，結局一般。結局最差的有四川總督趙爾豐被殺、閩浙總督松壽自殺、兩廣總督張鳴岐做了漢奸，遺臭萬年。結局相對較好的是袁世凱的姻弟直隸總督張鎮芳，畢竟有老袁罩著，人脈關系廣，還有就是李鴻章的侄子云貴總督李經羲。

總督一職最早出現在明朝，在清朝形成定制是在乾隆以后，當時全國有八個總督，這八個總督主管一省甚至數省的軍政要務，是正兒八經的封疆大吏，到了光緒末年，又增設了東三省總督，這就通常所說的九大總督，也就是九大封疆大吏的來歷。

在清末九大總督，四川總督趙爾豐、閩浙總督松壽、兩江總督張勛、兩廣總督張鳴岐、東三省總督趙爾巽都是非常忠于清廷的，趙爾豐因為忠于清廷，對革命黨人進行了殘酷的鎮壓，在武昌起義后不久，趙爾豐也被四川革命黨人處決。

武昌起義后，各地都爆發了革命黨人起義，為了效忠清廷，閩浙總督松壽決定與革命黨人死磕到底，失敗后，松壽自殺以表達對清廷的忠誠。

相對于前兩位的愚忠，張勛更像是一位以效忠清廷為表像，實際卻是為自己謀利的野心家，1917年，復辟失敗后，退出了歷史舞臺。

兩廣總督張鳴岐是帝制的堅決擁護者，清廷滅亡后，張鳴岐并沒有想松壽那樣以死明志，而是逃到了日本，后來袁世凱復辟，才又回國。1931年，就任偽職，淪為了漢奸，抗戰勝利后，張鳴岐在一片聲討中死去。

東三省總督趙爾巽是趙爾豐的哥哥，這兩兄弟都是非常忠于清廷的，只不過趙爾巽以不從政來明志，清廷滅亡后趙爾巽全心投入到清史的撰寫中直到死去。

除了這五位外，其他四位就沒那么忠心于清廷，陜甘總督長庚直接交出了總督大印瀟灑而去；湖廣總督瑞澄在武昌起義后，怕被清廷治罪，直接逃去了日本，直到清廷滅亡后才回來；云貴總督李經羲是李鴻章之侄，在民國還擔任了一周時間的國務總理，退出政壇后安心做起了寓公；直隸總督張鎮芳在民國就任過河南都督兼民政長，后棄政從商。