凈出難題呀，想比出差別來太難了，地域、歷史、質量、聲譽都差不多，但重點專業上還是有差別的。
共同點：
都是由原來的工學院、師范學院、化學工業（齊大）、醫學院（佳大）合并而成，這三類專業的水平都差不多，都是老專業也都挺厲害。
差別點：
佳木斯大學的口腔醫學、材料工程，尤其是口腔醫學全國聞名，是最早的國家重點專業，比哈爾濱醫科大學的口腔醫學厲害。
齊齊哈爾大學的英語、化學，尤其是英語也是最早的國家重點專業，比哈爾濱師范大學厲害。
結論和建議：
這兩所學校的整體實力幾乎是一樣的，但優勢學科不一樣。齊齊哈爾的地理位置稍微好一點。
跟我去年一樣 選個好專業吧 我現在在齊大 去年我以為能學到計算機，結果失策了，要是我在選一下，我必須選佳木斯，離家還便利，就是齊大的校園好
佳木斯大學應好點，齊齊哈爾大學差一點點，主要佳大有醫學院。
齊齊哈爾大學優勢是英語，這幾年中文也不錯，當然化學方面也可以，佳木斯大學優勢是中文和口腔醫學，地理位置齊齊哈爾略好
實力差不多，看專業
我覺得兩個學校的實力不相上下，報考的話建議就近選擇，這樣回家比較方便！
二本上了也沒啥用，復讀考東北林大或者東北農大吧
這兩個學校實力相當，只是優勢學科略有不同，學生可根據自己喜好來選擇！
優勢不一樣，齊齊哈爾大學的優勢是師范專業，佳木斯大學優勢是醫學專業。