謝謝悟空邀請。

題主提及的問題其實(shí)和2000年左右的綜合性大學(xué)和醫(yī)科大學(xué)的合并有關(guān)（成立醫(yī)學(xué)院或部），如當(dāng)時(shí)的上海交通大學(xué)和上海第二醫(yī)科大學(xué)、中南工業(yè)大學(xué)和湖南醫(yī)科大學(xué)、四川大學(xué)和華西醫(yī)科大學(xué)、華中理工大學(xué)和同濟(jì)醫(yī)科大學(xué)的合并組建，當(dāng)然也有合并失敗的不少案例。高校和醫(yī)科大學(xué)的合并組建都面臨著很大的問題，畢竟每個(gè)學(xué)校都是幾萬人，在合并的協(xié)商過程中，彼此都會有條件和讓步。

上海交通大學(xué)在和第二醫(yī)科大學(xué)協(xié)商中進(jìn)展受限后，選擇上海第一人民醫(yī)院和上海第六人民醫(yī)院成為附屬醫(yī)院，準(zhǔn)備組建自己的醫(yī)學(xué)院（多元化發(fā)展，比如北京的...）,在劃分給交大后，隸屬關(guān)系未變化，僅在前面冠名“上海交通大學(xué)附屬”，如上海交通大學(xué)附屬第一人民醫(yī)院和第六人民醫(yī)院。后續(xù)上海市兒童醫(yī)院、上海胸科醫(yī)院同樣劃給交大作為附屬醫(yī)院，冠名上海交通大學(xué)附屬兒童醫(yī)院和胸科醫(yī)院。

在2005年，上海交通大學(xué)在和第二醫(yī)科大學(xué)正式合并后，，原上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬瑞金、仁濟(jì)、新華、九院、兒中心、寶鋼（2005年改附屬第三人民醫(yī)院，2014年與附屬第九人民醫(yī)院合并成為九院北部院區(qū)）等醫(yī)院因?qū)W校合并，將原名稱中的“上海第二醫(yī)科大學(xué)”改為“上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院”，即“上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院”等。在合并后，上海市將中福會國際和平婦幼保健院、上海市精神衛(wèi)生中心以及2013年新合并成立的同仁醫(yī)院也都劃給交大作為附屬醫(yī)院，同時(shí)冠名“上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬某某醫(yī)院”。

其實(shí)，在合并中學(xué)校更多的是希望保留自己原有的傳統(tǒng)和文化，這就導(dǎo)致名稱的不一致，希望對你有所幫助:(

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬XX醫(yī)院，醫(yī)院人事任命隸屬于醫(yī)學(xué)院，為原上海第二醫(yī)科大學(xué)附屬的醫(yī)院，換句話說是“親生兒子”，像醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院、醫(yī)學(xué)院附屬仁濟(jì)醫(yī)院、醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院、醫(yī)學(xué)院附屬九院等。 上海交通大學(xué)附屬醫(yī)院人事關(guān)系隸屬于上海申康醫(yī)院發(fā)展中心，不是交大醫(yī)學(xué)院的“親生兒子”。

其實(shí)上海所有三甲醫(yī)院都有自己的辦醫(yī)主體：復(fù)旦系（中山、華山、兒科、婦產(chǎn)科、腫瘤、五官科醫(yī)院）、交大系（瑞金、仁濟(jì)、新華、九院、兒中心）、申康系（華東、六院、兒童、十院）、同濟(jì)系（同濟(jì)口腔、同濟(jì)、肺科）、中醫(yī)大系（龍華、曙光、岳陽）、軍醫(yī)大系（長海、長征、東方肝膽）……

所以，醫(yī)學(xué)院附屬和附屬，就是親兒子和干兒子的區(qū)別。

同理，復(fù)旦的親兒子只有六所：中山、華山、兒科、婦產(chǎn)科、腫瘤、五官科。其他附屬都是山寨的……

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院包括瑞金醫(yī)院，仁濟(jì)醫(yī)院，新華醫(yī)院，九院，其人事關(guān)系和編制都由上海交通及醫(yī)院院負(fù)責(zé)，其它附屬醫(yī)院人事關(guān)系由衛(wèi)建委負(fù)責(zé)，嚴(yán)格的說是教學(xué)醫(yī)院。教學(xué)和科研都是屬于醫(yī)學(xué)院負(fù)責(zé)，對外都屬于上海交通大學(xué)，其實(shí)大家都是兄弟醫(yī)院，資源共享。

上海市有第一到第十人民醫(yī)院，其中第三（原寶鋼醫(yī)院）、第九人民醫(yī)院屬于上海交大醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院。

上海市第一、六、十（原鐵路中心醫(yī)院屬地化）人民醫(yī)院屬于市衛(wèi)健委直屬。

上海市第二、四、五、七、八人民醫(yī)院屬于區(qū)級醫(yī)院。分別屬于黃浦、虹口、閔行、浦東、徐匯區(qū)衛(wèi)健委直屬行政管理。雖然現(xiàn)在有的掛上復(fù)旦、上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院，但僅是教學(xué)醫(yī)院。

五十年代初還有第十一人民醫(yī)院，后來改為上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬曙光醫(yī)院。

上海交通大學(xué)附屬某某醫(yī)院，從行政關(guān)系上某某醫(yī)院是交通大學(xué)直屬機(jī)構(gòu)，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬某某醫(yī)院，行政關(guān)系是醫(yī)學(xué)院直屬機(jī)構(gòu)。

前面幾位的回答都還沒涉及到最關(guān)鍵的時(shí)間段。本人03年左右在交大，對這段幾件事情稍有了解，簡單說兩句。

上海醫(yī)學(xué)院是本地最好的，附屬的中山、華山兩大醫(yī)院也非常好。第二醫(yī)學(xué)院原來是市屬，本地生源本地分配，也發(fā)展得不錯(cuò)，瑞金、新華、仁濟(jì)、九院等等也不遑多讓。院校合并第一波，復(fù)旦上醫(yī)強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，而交大和二醫(yī)卻還沒有做好準(zhǔn)備，在情況下，上海市把市里拿得出手的兩大直屬醫(yī)院送到了交大手里。這就是一醫(yī)院（特長眼科）和六院（骨科領(lǐng)先）。

之后又過了幾年，二醫(yī)才在名義上并入交大，整合過程頗不順利。這些就是交大屬下的醫(yī)院前綴不盡相同的主要原因。

不過這樣一來，交大系的著名醫(yī)院在數(shù)量上就大大超過了復(fù)旦系，這也是交大醫(yī)學(xué)排名反超復(fù)旦的重要原因。

交大醫(yī)學(xué)院和交大分屬不同單位，只是名義上合并，法人并不同。所以交大醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院和交大附屬醫(yī)院也是不同歸屬。同例是復(fù)旦大學(xué)和復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院。

交大醫(yī)學(xué)院附屬xx，表明以前是第二醫(yī)科大學(xué)直屬，即大學(xué)醫(yī)院。交大附屬xx，這是合并前歸交通大學(xué)的（合并前已經(jīng)有交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院，只不過很小很弱），這些主要是六院一院這些，以前屬于市屬非大學(xué)醫(yī)院屬于申康系統(tǒng)的。

老上二醫(yī)的附屬醫(yī)院，為了牢記歷史、不忘初心…、叫交大醫(yī)學(xué)院（二醫(yī)?。└綄籴t(yī)院。

合并后再收納的醫(yī)院，為了表明和上二醫(yī)沒啥淵源（是交大的兒子）…、叫交大附屬醫(yī)院。

瑞金醫(yī)院、仁濟(jì)醫(yī)院、新華醫(yī)院、九院、兒童醫(yī)學(xué)中心、國婦嬰是醫(yī)學(xué)院直屬醫(yī)院，所以冠名上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院，受制于交大醫(yī)學(xué)院，一醫(yī)、六醫(yī)只是教學(xué)醫(yī)院，非直屬附屬醫(yī)院，所以冠名上海交通大學(xué)附屬醫(yī)院。二者有本質(zhì)上的區(qū)別。