這個問題明顯受到了網絡流言的影響，因為在網絡上流傳著據說是馮玉祥將軍說過的話，原文是這樣的“談到人口，蒙古本有一千二百萬人，在滿清長期統治之后，今已減少至五十萬人”，然后下面講了一些清朝強行用行政命令逼著蒙古家庭把他們的男丁送進寺廟當喇嘛什么的，這話是不是馮玉祥將軍我先不提了（感興趣的可以復制我黑體字部分去百度上搜），就這些話的內容吧！就堪稱暴論，提問者說清朝消滅了蒙古人一大半人口就是來源于這則材料吧！
首先，關于清朝強行讓蒙古人當喇嘛就已經很扯淡了，這玩意早在民國時期就被辟謠了，徐珂的《清稗類鈔》有言，“至謂蒙古崇黃教，家有三子，必使二子為喇嘛者，實讕言也”。而讕言是啥意思？就是虛妄不實，毫無根據的話，所以這類謠言根本就不用相信，至于蒙古地區為什么會有大量人口當喇嘛，這我下文中再說。
其次，在上面這段所謂馮玉祥的論述中，說蒙古人口從1200萬掉到50萬那更是扯淡中的扯淡，首先從當時生產力的情況來看，蒙古地區人口根本不可能到達1200萬。在清朝中期以后，內、外蒙古的人口更沒有跌破50萬，都不知道這數據是哪來的，光是內蒙古都不止此數。
據嘉慶朝《大清會典》顯示，外藩蒙古的佐領數總共為1293個，加上內屬察哈爾蒙古120個佐領，共1413個佐領，按照清廷定制，“凡佐領之丁，百有五十”，即每1戶抽取成丁1名，就是說內蒙古的壯丁數量為211950人，那么只需要大概知道蒙古地區一戶有多少口，就可以大致推算出嘉慶時期內蒙古地區蒙古族的總人數。
圖源：嘉慶朝《大清會典》
按清時期所編的《烏里雅蘇臺志略》，像喀爾喀蒙古土謝圖汗麾下有戶7800，人口4萬，每戶平均有5.12人；車臣汗有戶6000，人口3萬余，每戶平均5人；札薩克圖汗有戶3000，人口15000余人，每戶平均5人；三音諾顏部有戶4700，人口20000多人，每戶平均4.25人。（據我推測這個數據極有可能是雍正年的，但離不開清初這個范疇）。
圖源：《烏里雅蘇臺志略》
我以一戶5人做為單位，嘉慶時期整個內蒙古人口為大約為1059750人。迨至清末據《清朝續文獻通考》記載內蒙古地區人口為127萬人，所以根據文獻我可以推斷，清朝時期蒙古人口不但沒有降低，反而增加了。
圖源：《清朝續文獻通考》
當然，盡管蒙古的人口有所增加，但從數據上會發現蒙古地區的人口增長是緩慢的，嘉慶朝《大清會典》是記載了清朝在1812年以前的典章制度。而《清朝續文獻通考》的數據來源于宣統年間的人口普查，是為1909年以后，兩種文獻所提供的數據信息的時間跨度最少為97年，而內蒙古人口從大約106萬上漲到127萬，97年時間年增長率為0.21%。
所以，清朝時期的蒙古地區痛點不在于人口劇減，而在于人口增長過慢。個人認為這是由如下幾個原因造成的：
一、自清初以來蒙古參與了大量戰事，導致人丁損失極為嚴重。
自天聰年間，漠南外藩蒙古被清朝并入版圖，幾乎和東北的索倫兵一樣，全程參與了有清一代大大小小的所有戰事，人丁損耗不可謂是不巨大，關于蒙古的參戰記錄實在是太多，大家可以買一本《清內秘書院蒙古文檔案匯編漢譯》看看，里面有各種蒙古軍官的嘉獎記錄。
圖源：《清內秘書院蒙古文檔案匯編漢譯》
就比如說上圖這位來自扎賚特部叫塔干的軍官，他率領旗下蒙古兵足跡遍及大江南北，先后參加了松錦會戰、山海關戰役、攻滅江南弘光政權戰役，他的作戰經歷也是蒙古兵隨清廷入關參戰的縮影。
隨清廷入關參戰的外藩蒙古兵具體數量是非常模糊的。但是從清廷檔案顯示，阿濟格一路，有“出征之臺吉二十九人、梅勒章京四、甲喇章京十四人、牛錄章京九十九人、共一百三十六人”，而多鐸一路數量則更多，有“外藩二十七旗之臺吉三十八名、固山額真三名、梅勒章京十一名、甲喇章京十二名、牛錄章京一百二十三名，共一百九十六人”，其軍隊總數肯定不會少。
圖源：《清內史院滿文檔案譯編》
而在康熙年間三藩之亂時，大量蒙古兵為清廷鎮守后方并南下平叛，諸多蒙古官兵病故、犧牲，如扎魯特部三品臺吉吹爾于荊州病死、二品臺吉和克津陣亡，科爾沁章京扎木速、敖漢部落猛克陣亡。士兵死傷更加慘重，史稱“請兵于蒙古，得正軍一萬四千，送于南方，戰陣死亡及不習水土死者過半”。
圖源：《朝鮮李朝實錄中的中國史料》
總而言之，有清一代外藩蒙古兵積極參與各種戰事，受到了清朝皇帝的高度重視，所謂“各部落蒙古汗王以下、臺吉以上，俱稟皇上指授，親執鞭鐙，如同仆隸，奔走馳驅，爭先恐后”，但歷次戰斗給外藩蒙古的人丁損失不言而喻的。
圖源：《康熙起居注》
二、游牧改為定牧，副作用巨大。
清廷以盟旗制度管理各部蒙古，這項制度的一大內涵就是將各部蒙古割裂成互不統屬的政治實體，畫地為牧，將各部蒙古固定在各個區域居住、放牧、生產，不得越界，否則將有嚴重的懲罰，這項制度從客觀上確實讓草原上避免了弱肉強食的紛爭，為其畜牧經濟提供了相對穩定的生產環境。
但是，與此同時，蒙古各部的抗災能力開始減弱，一旦災害來臨，蒙古各部族不得四處遷移，無疑讓原本脆弱的游牧經濟雪上加霜，康熙二十四年浩齊特部受災，到了“以荒野草根為食”的地步，除了等待清廷救援真可謂是毫無辦法。康熙年間，光是漠南各部受災光是有據可查的就有八次之多。
圖源：《清圣祖實錄》
三、黃教傳播于蒙古，對蒙古人口的打擊非常大。
蒙古各部信仰黃教的歷史由來已久，自萬歷年間開始，俺答汗將黃教引入蒙古諸部，蒙古信仰黃教達到了“化行諸部，東西數萬里，熬茶膜拜，視若天神”的程度，清廷也非常重視黃教對蒙古地區的教化作用，支持黃教被當做是維持對蒙古統治的一項長期的國策。
蒙古的青年一為喇嘛，便可以免于兵役和徭役，還可以不納稅，導致了蒙古家庭爭先恐后的送自己的子弟去充當喇嘛，“蒙民趨之如鶩，往往有傾家運動，以得遣子弟充喇嘛為榮者”。以至于黃教在蒙古地區盛況空前，史稱：各旗必有大廟，一旗或四五大廟，小廟無算。大廟之喇嘛多或七百人，少或四百人，大約一旗總在千數以外，居男丁總數四分之一。既然出家修行，自然與婚姻無緣，人口增速就放緩了，“蒙族之生殖既不及漢族矣，而喇嘛教又從而耗之，是以人之消減愈速”。
圖源：《清稗類鈔》
圖源：《東四盟蒙古紀實》
四、生產力醫療落后，導致人均壽命不長。
在古代蒙古族人民因為醫學落后，勞動生活艱苦，據史書《蒙古源流》顯示，就連上層人物壽命都不高，除了達延汗活到80歲之外，其他汗王也就最多三、四十歲的壽命，更不要說底層百姓了。
圖源：同上
圖源：《蒙古源流》
綜上所述，蒙古人口之所以增長緩慢主要是由這四大原因導致的，至于什么人口從1200萬掉到50萬純粹是胡說八道，不信也罷！
引用文獻：《清圣祖實錄》、嘉慶朝《大清會典》、《康熙起居注》、《清初內秘書院蒙古文檔案匯編漢譯》、《清初內國史院滿文滿文檔案譯編》、《清稗類鈔》、《朝鮮李朝實錄中的中國史料》、《蒙古源流》、《烏里雅蘇臺志略》、《東四盟蒙古紀實》、《清朝續文獻通考》