南宋第二代皇帝——宋孝宗趙眘，其實并不是宋高宗趙構的親生兒子。當初，高宗在躲避金軍追擊、四處逃亡的時侯，因意外而失去了生育能力，同時，他唯一的兒子趙旉也在三歲時不幸夭折，而高宗在世的父兄叔伯侄子們幾乎都被金軍一網打盡，除了他之外，根本沒有第二個活著到達江南的宗室近支男性，所以，高宗之后的南宋皇室有絕嗣的危險。
為了延續帝系、傳承大統，同時也是凝聚人心，高宗決定在南渡的宗室遠支中選擇嗣子承襲帝系。他放棄了在南渡的太宗后裔中挑選嗣子，而是在紹興二年（1132年）和六年（1136年）的時候，于太祖后裔中挑選了兩個太祖七世孫（高宗是太祖之弟太宗的六世孫），作為養子收入宮中，準備擇其中品行優秀者立為皇嗣。其中叫做趙伯玖的孩子由當時還是才人的吳皇后撫養，改名趙璩；叫做趙伯琮的孩子交張賢妃撫養，改名趙璦。而趙璦，就是后來的宋孝宗。
趙璦，是宋太祖幼子、秦康惠王趙德芳的后裔（六世孫），他的曾祖趙世將封華陰侯，是趙德芳的曾孫。趙世將也是趙璦最后一位有爵位的祖先，趙璦的祖父趙令譮、父親趙子偁，都是平民，雖然在皇家族譜內有名，不過一個形式而已，沒什么額外的待遇。直到趙璦改名趙眘、承襲了帝位之后，趙令譮和趙子偁父子才因此而被尊崇，分別追封為慶國公、秀王。
趙璦入宮時不過才六歲，由張賢妃撫養。不久后張賢妃去世，于是趙璦被交給吳皇后，和后來進宮的高宗另一養子趙璩一同照看。但吳皇后對兩個養子并沒有因先來后到而親疏有別，均一視同仁，不分彼此。
趙璦居住宮中時恭儉勤敏、聰慧好學，又恪盡孝道，對養父母高宗和吳皇后恭敬有加、安守本分，對名義上的兄弟趙璩也友愛忠悌，和睦相處，所以逐漸得到了高宗的青睞，傾向于立其為嗣子。
紹興十二年（1142年）正月，高宗晉封十六歲的趙璦為普安郡王。養子封王后，吳皇后高興地對高宗說：“普安，其天日之表也。”高宗本來就有立趙璦為嗣之意，在吳皇后的進言下更是心意已決，決定立趙璦為皇太子。
紹興十五年（1145年），高宗另一養子趙璩被晉封為恩平郡王，但封王的同時高宗就讓他出宮，到外宅居住。紹興二十二年（1152年），高宗進一步“加恩”給趙璩，讓他可以自稱“皇侄”，這其實表明他的“皇帝養子”身份已經被取消。因此，普安郡王趙璦成為高宗唯一的養子、和唯一的皇儲人選。
紹興三十年（1160年）二月，三十三歲趙瑗獲得了皇子身份，并改名為趙瑋。紹興三十二年（1162年）五月，高宗正式立皇子趙瑋為皇太子，改名趙眘。一個月后，五十六歲的宋高宗以“倦勤”為名將皇位禪讓給三十六歲的皇太子趙昚，自稱太上皇帝，退居德壽宮。趙昚即南宋第二代皇帝——宋孝宗。
孝宗繼位之后，立即平反了岳飛等人的冤案，并起用主戰派大臣，決心收復中原故土。在治理朝政上他加強中央集權，整頓地方吏治，裁汰冗官冗吏，懲治不法官員，重視百姓生產。雖然他主持的“隆興北伐”以失敗告終，被迫與金國達成了苛刻的“隆興和議”，但和議之后，宋、金兩國之間保持了四十多年的和平，使得南宋外部環境趨于平穩，孝宗得以將更多的精力用于內政上來。
在他本人親自帶頭勤儉治國的態度下，南宋民生逐漸富庶、百姓安居樂業、社會一片繁榮。孝宗極度重視生產，不厭其煩地勸課農桑，并興修水利，南宋經濟發展迅速，地方上民和俗靜，家給人足，天下康寧。史書上稱孝宗統治時期為“乾淳之治”，孝宗本人也被贊譽為“卓然南渡諸帝之首”。
和題目中所說的“宋孝宗有三個兒子”的論述有差別的是：孝宗其實是有四個親生兒子，分別為：長子趙愭、次子趙愷、三子趙惇、四子趙恪。但是第四子趙恪在孝宗還是高宗養子的時候就年幼夭折，沒有后代，所以說孝宗只有三個兒子也不算錯。
孝宗的長子趙愭，生母是孝宗皇后郭氏（成穆皇后），他也是孝宗的嫡長子。所以孝宗即位后不久便在乾道元年（1165年）立其為皇太子，以承宗廟。但是趙愭在乾道三年（1167年）秋罹患疾病，被庸醫誤用錯藥，導致病情加劇。趙愭病危時，太上皇（即高宗）與孝宗父子倆親自去探望他的病情，流淚不止，并為此大赦天下。但趙愭沒有因此轉危為安，三天后還是去世了，年僅二十四歲。孝宗哀痛不已，追謚長子為“莊文太子”。
趙愭有一個獨子趙挺，這也是孝宗的嫡長孫，本來有希望可以被立為皇太孫。但孝宗出于“國賴長君”的目的，沒有立過于幼小的孫子為皇儲，而是想在剩下的兒子們中間挑選合適者入繼大統。所以，嫡皇孫趙挺只被封為榮國公、左千牛衛大將軍。更加可惜的是，乾道九年(1173年)，榮國公趙挺也因病夭折了，沒有后代，孝宗長子莊文太子一系由此絕嗣。
孝宗次子趙愷，是莊文太子同母弟，同樣由成穆皇后所生，按理說在兄長莊文太子不幸去世后，應該就是由他繼任太子。但孝宗考慮到趙愷為人過于忠厚溫和，性格太溫吞，不適合當皇帝，所以奏請太上皇同意后放棄立趙愷為皇太子，而改為立其弟、第三子趙惇為皇太子（不過還是觀察了趙惇幾年，沒有立即立他為皇太子）。
趙愷失去繼承權后絲毫不以為意，也不怨天憂人，依舊安靜地生活，乾道七年（1171年），趙愷被晉封魏王，兼判寧國府，淳熙元年（1174年），改判明州。在寧國、明州的時候，趙愷精心吏治，心系黎民，親自主持修復農田水利設施，并開辦地方學堂，重視教育，作為皇室子弟，能夠有這樣的恤民之舉，實在是難能可貴。
淳熙七年（1180年），三十五歲的趙愷在明州去世，孝宗聞報后身穿素服、居于別殿，為兒子致哀，追謚其為“魏惠憲王”。趙愷有兩個兒子趙攄、趙抦，其中趙攄早夭，趙抦成年后受封耀州觀察使、昭慶軍節度使、嘉國公，最后晉封吳興郡王。開禧二年（1206年），趙抦去世，追謚“沂靖惠王”，而他的獨子趙垓則在三歲時就夭折了，所以，孝宗次子魏惠憲王趙愷一脈最終也是絕嗣。
孝宗第三子趙惇，也是由成穆皇后所生，同樣是嫡子，先后受封為鎮洮軍節度使、開府儀同三司，并晉封恭王，名義上的封地在恭州。在長兄莊文太子去世后，他經過父親孝宗的長期考察，于乾道七年（1171年）被正式冊立為皇太子。
淳熙十六年（1189年），因為兩年前太上皇高宗駕崩而悲痛欲絕的孝宗對對治理國政逐漸心生倦怠，于是準備效法高宗內禪，以便繼續守孝。這一年，孝宗將皇位禪讓給皇太子趙惇，自己退位為太上皇，趙惇于是登基，即南宋第三代皇帝——宋光宗。
趙惇登基后，因為自己受封為恭王時的封地是恭州，然后以此身份先成為皇太子、又受禪成為皇帝，實在是喜慶再加喜慶之事，于是便把當年的封地恭州御賜新名、升格為“重慶府”，這就是今天“重慶”地名的由來。
光宗一生只有兩個兒子，長子趙梃很小時候就去世了，沒留下后代，次子趙擴，光宗為皇太子時先后封英國公、平陽郡王；光宗即位后，晉封嘉王。
光宗只有趙擴一個成年兒子，所以他受禪即位后立其為皇太子是理所當然的事，但是太上皇孝宗認為趙擴性格懦弱、處事庸碌，不宜繼承皇位，而自己另一個孫子嘉國公趙抦（孝宗次子魏惠憲王趙愷次子）天性聰慧、干練果決，比較合適入繼大統，而當年自己越過了次子趙愷，把皇位傳給三子趙惇，內心實在對趙抦抱有愧疚感。于是孝宗想讓光宗立趙抦為皇儲。
光宗雖然在后世有昏聵庸碌的評價、確實不怎么聰明，但總歸是正常人，怎么可能舍棄親子而立侄子為嗣君，所以對孝宗的提議一口回絕，并由此產生了對父親孝宗的猜忌和恐懼之心，生怕太上皇會對自己的皇位產生威脅，甚至直接廢黜自己。
而光宗的皇后李氏，生性妒悍，有強烈的權力欲望，對孝宗干預立儲之事極度不滿，因此不斷離間挑撥光宗和孝宗父子之間的關系。久而久之，光宗的心理和精神壓力越來越大，出現了無端猜疑和極度偏執的精神病癥狀。他視孝宗居住的重華宮為畏途，不愿定期前去問安，盡可能躲避父親孝宗。
紹熙五年（1194年）正月，太上皇孝宗患病，病勢日漸沉重，群臣都勸光宗盡快前往重華宮探望太上皇。而光宗由于自己病情嚴重、再加上皇后李氏的唆使，一直沒有前去探視父親，導致孝宗直到當年五月駕崩時，都沒能見到自己的兒子。
孝宗駕崩后的入殮舉哀等儀式，都需要作為兒子的光宗出面主持，但是光宗以自己有病為由，就是不出面，導致孝宗的葬禮大典幾乎都無法完成，最后還是高宗吳皇后（孝宗養母）出面，才勉強完成了儀式。
對于光宗如此不孝之舉，群臣忍無可忍，于是決定讓這個“瘋皇”退休，趕緊禪位。紹熙五年（1194）七月，宗室、樞密使趙汝愚和外戚、知閤門事韓侂胄等人在太皇太后吳氏（即高宗吳皇后）的支持下，發動宮廷政變，讓光宗“禪位”給嘉王趙擴，然后擁立嘉王登基，尊光宗為太上皇，退居泰安宮。趙擴即南宋第四代皇帝——宋寧宗。
雖然群臣奉光宗為太上皇，準備讓他退居泰安宮頤養天年，但是光宗得知自己“被退休”之后憤怒不已，就是不搬出皇宮，并拒絕兒子寧宗的朝覲。這樣的日子，一直延續到慶元六年（1200年）八月，他病重駕崩時為止。
寧宗繼位稱帝前后，曾經有過九個兒子，分別是：趙埈、趙坦、趙增、趙覿、趙埛、趙圻、趙墌、趙垍、趙坁，但他們都在很小的時候夭折了，連名字也是追贈的。而寧宗雖然有三個堂兄弟：趙挺、趙攄、趙抦，一個親兄弟：趙梃；但是趙挺、趙攄、趙梃都是年幼夭折，沒有后代，趙抦雖然在世，但是獨子趙垓也是年幼夭折，沒有后裔。
所以，寧宗的祖父孝宗雖然有四個兒子、五個孫子、曾孫超過十人，但是到了寧宗這一輩，孝宗居然只剩兩個沒有后嗣的孫子（寧宗趙擴、吳興郡王趙抦）還在世，其他子孫不是夭折就是早早離世，斷絕了后嗣。南宋皇帝中最有作為、最富進取之心的孝宗居然在三代之后血脈斷絕了，這對于孝宗來說是最殘忍的事情，雖然他本人生前并不知道自己會絕嗣。
所以，在慶元四年（1198年）的時候，實在從近支宗室內找不到嗣子的寧宗不得不效仿（名義上的）曾祖父高宗，從宗室子弟中選取了太祖長子燕懿王趙德昭九世孫、六歲的趙與愿入宮，作為嗣子加以撫養，以便日后承襲皇位。同時，他給唯一成年的同祖兄弟、沂靖惠王趙抦（趙抦去世后追謚沂靖惠王）也選取了太祖幼子秦康惠王趙德芳的九世孫趙貴和為嗣子，承襲世系。
所以說，不是寧宗不從堂兄弟們的后代里面挑選嗣子入繼大統，實在是沒得挑了，不是早夭就是無后，祖父孝宗一系到了他這一輩就血脈斷絕、傳不下去了，所以不得不效仿名義上的曾祖父高宗的做法，從太祖后裔中去挑選合適者承襲皇統。
其實孝宗一脈雖然絕嗣，但是孝宗的本生父、秀安僖王趙子偁卻是有后裔存世，而且數量還不少。趙子偁的長子、也就是孝宗實際上的兄長趙伯圭，在孝宗即位后被授予知臺州、知明州、沿海制置使、顯謨閣學士、龍圖閣學士等職。紹熙元年（1190年），趙伯圭被實際上的侄子光宗加封為嗣秀王（光宗本生祖父趙子偁因兒子孝宗被立為皇太子，由高宗追封為秀王），成為宋朝第三家世襲王爵，并兼判大宗正事、封太師、崇信軍節度使，地位崇高無比。
趙伯圭一共有九個兒子，還有數量更多的孫子、曾孫，和孝宗一脈相比，那是人丁興旺（后世著名的書法家趙孟頫，就是他的后代）。而且趙伯圭一家和其他宗室相比，與南宋皇室血脈最為接近，如果寧宗要擇嗣子而立，嗣秀王一脈豈不是更加合適么？但為什么最后寧宗寧愿從太祖其他遠支后裔中為自己和堂弟趙抦去挑選嗣子，也不從血緣最近的嗣秀王一系中挑選呢?
其實,還是因為嗣秀王一脈太過于興旺、又勢力龐大，如果從中選了嗣子入繼大統，那么很可能又是一個“濮議”的結局，如果真的是這樣，南宋皇室從高宗以下諸位皇帝，恐怕都要被日后的嗣皇帝在宗法法度、禮制典儀上擠到一邊，給自己的親生父祖騰出位置了。而挑選血脈遙遠、地位低下的宗室子弟入繼的話，嗣子因為感激皇帝養父的恩德，自然會對養父感恩戴德、恭敬尊崇、奉養無虞（孝宗就是最好的例子）。所以寧宗才會舍近求遠，放棄血緣最近的嗣秀王一脈,而從遠支宗室中去尋找嗣子人選。
這里還有一個后續——寧宗選擇趙與愿為嗣子后，給他改名為趙曮。開禧元年(1205年)，趙曮被正式立為皇太子，更名趙詢。但是趙詢命中注定無福繼承皇位，成為皇太子十六年后，在嘉定十三年(1220年)去世，年二十八歲，沒有子嗣，謚號“景獻太子”。
寧宗好不容易培養了十多年的皇太子就這么沒了，一時抓瞎，于是又把當年自己給堂弟沂靖惠王趙抦挑選的嗣子趙均（即趙貴和、入繼沂靖惠王后改名趙均）接到宮中作為皇子撫養，并于嘉定十四年（1221年）正式立為皇太子，改名趙竑。
而趙竑被寧宗奪過去當了養子后，沂靖惠王便沒有了嗣子，世系就要中斷，于是寧宗再次給堂弟挑選嗣子，選中了燕懿王趙德昭九世孫、山陰縣尉趙希瓐的長子趙與莒為沂靖惠王第二任嗣子，改名趙貴誠，明確為皇侄，并承襲沂靖惠王世系。
嘉定十七年（1224年），寧宗病重，即將駕崩，而宰相史彌遠因為和皇太子趙竑關系惡劣，害怕日后皇太子登基后自己會被清算，于是聯合了同樣和皇太子關系不佳的寧宗楊皇后，趁寧宗駕崩之時矯詔，廢黜了皇太子趙竑，改立皇侄、嗣沂王趙貴誠為寧宗嗣子、皇太子，并擁立其為皇帝。趙貴誠登基之后更名趙昀，這就是南宋第五代皇帝——宋理宗。
不過在寧宗生前，從來沒有將趙昀當做嗣子對待過，他除了早夭的九個兒子外，只有兩個養子：早逝的景獻太子趙詢、被史彌遠陰謀廢黜的廢太子趙竑。承襲他皇位的理宗趙昀，只不過是權相史彌遠和楊皇后在他駕崩后硬塞給他的嗣子而已。