首先明確各個機體不同。EVA零號機是最早開發(fā)成功的試用型eva，為后來EVA的原型和范例，駕駛者是第一適格者凌波麗。頭部設(shè)計與之前失敗的嘗試類似，但為單眼。頭部頂端的兩枚鏡片，似乎是為了彌補單眼視覺的不足。在第23話「淚」中，綾波麗駕駛初號機迎戰(zhàn)侵蝕型的第十六使徒，在被使徒全面侵蝕之后直面機體內(nèi)的靈魂。在發(fā)現(xiàn)機體內(nèi)有另一個靈魂時綾波麗腦中出現(xiàn)了多個形象，逐幀拉片之后萬重發(fā)現(xiàn)，每一個展示出來的形象都是第二綾波麗，未曾出現(xiàn)童年綾波麗（第一綾波麗）。隨后使徒自述，是使徒復制了機體內(nèi)的靈魂，并與綾波麗的靈魂展開一番對話。使徒像是一面鏡子映照出綾波麗的內(nèi)心，挖掘出她深深隱藏的寂寞和痛苦。
綜上兩點，雖然不能完全否認零號機內(nèi)的靈魂不是童年的第一綾波麗，但也不能找到更多證據(jù)了。
分析來分析去，幾乎可以肯定的是：
零號機內(nèi)的靈魂是第二綾波麗的可能性最大，但因為綾波麗的靈魂來源莉莉絲，不完整的靈魂讓零號機不穩(wěn)定，由此便可解釋零號機的兩次暴走了。
EVA初號機在第一次啟動實驗時寄宿上了碇唯的靈魂（真嗣他媽），總共暴走過4次，每次都是為了救碇真嗣而暴走。有著智慧之果的碇唯靈魂（TV版第一話，初號機自發(fā)性的保護真嗣，似乎是因為如此）。后期吞噬了第十四使徒的S2機關(guān)，擁有了（理論上）無限的動力，成了相等于神的存在，這也是SEELE所不樂見的。在劇場版中，初號機會被當作第三次沖擊的儀式道具也是因為如此。
EVA二號機是世上第一臺為實戰(zhàn)而制造的EVA，也是第一架不需外部指令就能由駕駛員從EVA內(nèi)部自行啟動的EVA。在TV版第八話初登場，并和第六使徒對戰(zhàn),這也 是EVA第一次在水中迎擊使徒。初期表現(xiàn)亮眼，但后期因駕駛者明日香的內(nèi)心崩潰及對EVA的不信任感，同步率降至10%以下而活動不能，后由第五適任者渚薰（同時也是十七使徒）接手駕駛員職務(wù)，第十七使徒渚薰被消滅后，戰(zhàn)自派兵攻打NERV，覺醒了的明日香駕駛二號機痛擊戰(zhàn)自大隊。雖然電源被截斷但是仍將戰(zhàn)自全滅。在電源僅剩三分二十四秒的艱難狀況下，還是一一擊退裝備了S2機關(guān)的EVA SERIES，卻在電力耗盡前被偽隆基努斯之槍貫穿左眼部，同時電源耗盡，行動不能。最后二號機被EVA SERIES分尸，啃食，死相極慘。根據(jù)此時明日香內(nèi)心活動也可以看出，二號機內(nèi)部寄宿得是明日香母親京子的靈魂（母親曾是二號機駕駛員，因啟動試驗別二號機奪取半個靈魂導致精神失常），但是二號機本身靈魂的不完整，導致迎戰(zhàn)EVA SERIES是暴走不完全。
綜上所述：EVA零號機，原型亞當，靈魂為第二綾波麗（莉莉絲的不完整靈魂），暴走兩次
EVA初號機，莉莉絲復制品，靈魂為碇唯的完整靈魂（真嗣母親），經(jīng)常
EVA二號機，亞當復制品，靈魂為明日香母親京子（不完整靈魂），暴走一次
結(jié)合暴走條件。EVA是使徒的復制品。為了更好的操作它們，人類想到的方法是與其進行同步，將人類的靈魂融入EVA。
機體初次啟動實驗的駕駛員在與使徒的核心接觸之后，與使徒融為了一體。核心本來就是使徒存放靈魂的武器，也正因如此，才改進了這種危險的方案，使用插入栓來進行同步，避免人類接觸核心。
簡單地說，同時擁有肉體和靈魂的EVA與使徒無異，在靈魂被喚醒的時候（條件就是與靈靈魂共鳴或體內(nèi)靈魂主動保護駕駛員，參考真嗣），就可能會發(fā)生暴走。